La trama racconta di due fratelli: Edward e Alphonse Elric, che sono appassionati di alchimia, probabilmete dovuto al fatto che il loro padre era un famoso alchimista, che è disperso durante la guerra. In questo mondo, l'alchimia appare più come una sorta di magia, dall'alchimia che conosciamo, dove attraverso simboli alchemici, più precisamente cerchi con disegni, i nostri personaggi hanno la possibilità di creare svariati oggetti, ma tenendo sempre in considerazione una regola molto importante: il principio di equivalenza!

"Nessuno può ottenere qualcosa senza sacrificarne un'altra. Per ottenerla bisogna offrire qualcosa dello stesso valore."

Sfortunatamente i due bambini 10 anni per Edward e 9 per Alphonse, rimangono orfani dopo che la madre muore di malattia lasciandoli da soli. Il più grande Ed, decide di far rivivere sua madre, attraverso l'alchimia e con suo fratello iniziano a studiare in modo assiduo l'alchimia e apprenderla anche grazie l'aiuto di una donna che fa da loro insegnante, ma senza rivelare mai a nessuno il loro intento.

Dopo un'anno decidono di tentare di far rivivere la madre, ma il destino vuole che sia impossibile. Nel tentativo Ed (Edward) perde la gamba sinistra, invece Al (Alphonse) perde interamente il suo corpo, ma Ed attraverso la sua alchimia riporta indietro l'anima del suo fratellino "fissandola" all'interno di una armatura che si trovava nella stanza, ma in cambio perde il suo braccio destro.

Attraverso un delicato intervento, la loro "zia" e la loro amichetta Winry creano un braccio e una gamba artificiale per Ed colegando tutti i nervi ad essa, in modo da poter essere utilizzate come fossero veri arti.

In seguito a questo incidente Ed e Al, conoscono un militare che utilizza l'alchimia e che propone a loro di diventare degli ufficiali di alchimia. Ed decide di provare e Al lo seguirà,ma non perchè vogliono diventare soldati, ma solo per riuscire a trovare informazioni per poter riavere il corpo originario di Al e gli arti di Ed.

E qui inizia un avventura intricatissima. Dove si vedrà Ed, dopo un esame diventare un soldato di alchimia a soli 12 anni e gli verrà assegnato il titolo di Full Metal Alchemist !!! I due fratelli si troveranno in mezzo a mille avventure dove non mancherà la famosa Pietra Filosofale

Ma le vicende avranno luogo quando i due fratelli avranno 15 anni (Ed) e 14 anni (Al). L'anime è caratterizzato da una sua drammaticità...ma è contornato anche da episodi divertenti che ne allietano la visione.

Il film ormai in commercio in dvd è ambientato dopo due anni dalla fine della serie,i due ragzzi vivranno un'avventura che coinvolgerà il nostro mondo e il loro,che dai soldati nazisti viene chiamato Shamballa,da qui il sottotilolo del film,il conquistatore di Shamballa,un film veramente bello,e per ora l'unico destinato a esistere

una copertina dell'anime. In giappone è stato classificato come uno dei migliori anime mai fatto!

Edward usa la sua alchimia per creare un arma dalla sabbia

Ed mostra il suo braccio meccanico

Ed è sfinito dopo aver tirato fori dalla sabbia suo frattelo Al che vi era sprofondato.